29 Mayıs 2007 tarih ve 26536 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 5662 sayılı Kanunla, Fen-Edebiyat Fakültesi Çankırı Karatekin Üniversitesine bağlı olarak kurulmuştur. Üniversitemizin teklifi üzerine Yükseköğretim Kurulu Başkanlığınca uygun görülen 12 bölüm açılmıştır. Fakültede açılan bölümler; Biyoloji Bölümü, Fizik Bölümü, Kimya Bölümü, Matematik Bölümü, İstatistik Bölümü, Doğu Dilleri ve Edebiyatı Bölümü, Felsefe Bölümü, Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü, Sosyoloji Bölümü, Tarih Bölümü, Batı Dilleri ve Edebiyatı Bölümü, Coğrafya Bölümü.

30 Haziran 2010 tarih ve 27627 sayılı Resmî Gazetede yayınlanan 2010/525 sayılı kararla Çankırı Karatekin Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde yer alan Fen-Edebiyat Fakültesinin adının Edebiyat Fakültesi olarak değiştirilmesi ve Rektörlüğe bağlı olarak Fen Fakültesinin kurulması kararlaştırılmıştır. Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 03.09.2010 tarihli ve 032127 sayılı yazısı ile de Fen-Edebiyat Fakültesi bünyesinde yer alan Biyoloji, Fizik, Kimya, İstatistik ve Matematik Bölümleri öğretim üyesi kadroları ile birlikte Fakültemize devredilmiştir.